Surveillance génomique de la résistance et des eaux usées
Microbiologie & immunologie · Master 2
Gènes de résistance, surveillance One Health, eaux usées et systèmes d'alerte en Suisse.
Introduction
La résistance aux antimicrobiens (RAM) est une menace mondiale que la surveillance moléculaire permet de suivre à l'échelle des gènes : bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE), carbapénémases (KPC, NDM, OXA-48), mcr-1 (colistine), mecA (méticilline). Le séquençage permet de détecter les gènes et les plasmides mobiles qui les transportent.
La démarche One Health considère ensemble humains, animaux et environnement. La Suisse suit la résistance via le système ANRESIS (Swiss Centre for Antibiotic Resistance), la stratégie nationale StAR et les rapports Swiss Antibiotic Resistance report (SARR) conjoints OFSP/OSAV. Les centres de référence détectent les carbapénémases.
La surveillance des eaux usées, lancée en Suisse pour le SARS-CoV-2 par l'EAWAG et l'EPFL avec l'OFSP, s'étend à d'autres agents (grippe, VRS, poliovirus, gènes de RAM) en offrant une vision anonyme et populationnelle.
Objectifs d'apprentissage
- Citer les principaux gènes de résistance et leurs vecteurs
- Expliquer l'approche One Health
- Décrire le fonctionnement de la surveillance des eaux usées
- Identifier les limites et enjeux éthiques de ces surveillances
Concepts clés
- Gène de résistance mobile
- Gène porté par un plasmide ou un transposon, transmissible entre espèces (blaNDM, mcr-1).
- One Health
- Approche intégrée de la santé humaine, animale et environnementale.
- Surveillance des eaux usées
- Quantification (RT-qPCR, séquençage) d'agents pathogènes dans les eaux d'une station d'épuration, reflet d'une population.
Conclusion
La surveillance moléculaire de la résistance et des eaux usées complète la surveillance clinique par une vision plus précoce et plus large. Elle exige une coordination entre laboratoires, services vétérinaires et environnementaux.
Ses enjeux de protection des données, d'harmonisation et de communication restent essentiels.
Cartes
- Que confèrent les carbapénémases ?
- La résistance aux carbapénèmes (dernier recours) ; KPC, NDM, VIM, OXA-48.
- Quel gène confère la résistance à la méticilline chez SARM ?
- mecA (ou mecC), codant la PBP2a à faible affinité pour les bêta-lactamines.
- Quel gène plasmidique donne une résistance à la colistine ?
- mcr-1, mobilisable entre bactéries.
- Quels outils détectent les gènes de résistance dans un génome ?
- Bases de données comme CARD ou ResFinder avec outils d'annotation.
- Que suit ANRESIS ?
- Les données de résistance des laboratoires suisses, en médecine humaine, et la consommation d'antibiotiques.
- Quelle est la stratégie nationale suisse ?
- La stratégie Antibiorésistance Suisse (StAR) avec l'OFSP, l'OSAV, l'OFAG et l'OFEV.
- Pourquoi surveiller les eaux usées ?
- Elles agrègent les excrétions d'une population, donnant une alerte précoce indépendante des tests individuels.
- Comment quantifie-t-on le SARS-CoV-2 dans les eaux usées ?
- Par RT-qPCR ou ddPCR après concentration, normalisée par le débit et un marqueur fécal.
- Que permet le séquençage des eaux usées ?
- Détecter l'émergence de variants avant leur détection clinique et suivre la proportion de lignées.
- Quelle question éthique ?
- La surveillance doit protéger l'anonymat des personnes et éviter la stigmatisation de quartiers ou de communautés.
Glossaire
- RAM
- Capacité des micro-organismes de survivre à des antimicrobiens auxquels ils étaient sensibles.
- Plasmide
- Élément d'ADN circulaire extrachromosomique qui peut transférer des gènes de résistance.
- One Health
- Approche intégrée santé humaine, animale et environnement.
- ddPCR
- PCR digitale en gouttelettes, quantification absolue sans courbe standard.
- Marqueur fécal
- Indicateur de matière fécale pour normaliser un signal dans les eaux usées.
- Alerte précoce
- Détection rapide d'un signal avant l'augmentation des cas cliniques.