# Diagnostic moléculaire et sérologique des infections

Microbiologie & immunologie · Master 1

> PCR, séquençage, ELISA, interprétation des IgM/IgG et valeurs prédictives.

## Introduction

Les méthodes moléculaires détectent directement le génome du pathogène par PCR en temps réel, avec une sensibilité élevée et un rendu rapide. Les approches syndromiques (panels respiratoires, gastro-intestinaux, méningites) testent simultanément de nombreux agents. Le séquençage 16S ou métagénomique complète l'arsenal en cas de culture négative.

La sérologie, elle, détecte la réponse de l'hôte : IgM témoignant d'une infection récente, IgG d'une infection ancienne ou d'une vaccination. L'interprétation exige de connaître sensibilité, spécificité et valeurs prédictives, qui dépendent de la prévalence.

## Objectifs d'apprentissage

- Expliquer le principe de la PCR en temps réel et du Ct
- Comparer PCR, culture et sérologie
- Interpréter IgM/IgG et avidité
- Calculer valeurs prédictives
- Reconnaître les limites des panels syndromiques

## Concepts clés

- **PCR quantitative** : Amplification avec sonde fluorescente ; le Ct inversement lié à la charge initiale.
- **Sérologie** : ELISA ou chimiluminescence détectent IgM et IgG ; séroconversion = apparition d'anticorps.
- **Valeurs prédictives** : VPP augmente avec la prévalence ; VPN diminue.

## Conclusion

PCR, séquençage et sérologie répondent à des questions différentes : présence du pathogène ou réponse de l'hôte.

Une bonne interprétation intègre cinétique, prévalence et contexte clinique.

## Cartes

### Qu'est-ce que le Ct en PCR ?

Cycle seuil auquel la fluorescence dépasse le bruit de fond ; plus bas, plus la charge initiale est élevée.

### Quel avantage de la PCR sur la culture ?

Rapidité, sensibilité et détection de pathogènes non cultivables ou morts, mais sans antibiogramme.

### Quel gène cible le séquençage bactérien universel ?

L'ARNr 16S, conservé avec des régions variables pour l'identification.

### Que signifie la séroconversion ?

Passage de séronégatif à séropositif entre deux prélèvements, signant une infection récente.

### Que suggèrent des IgM positives et IgG négatives ?

Une infection récente en phase précoce.

### Quel est le rôle de l'avidité des IgG ?

Une faible avidité évoque une primo-infection récente, utile en toxoplasmose et CMV pendant la grossesse.

### Comment varie la VPP avec la prévalence ?

Elle augmente avec la prévalence, la VPN diminue.

### Que donne un panel syndromique ?

Détection multiplex de nombreux pathogènes, mais risque de détection de colonisation sans signification clinique.

### Quel est l'avantage de l'ELISA ?

Détection automatisable et quantitative d'antigènes ou d'anticorps par réaction enzymatique colorimétrique.

## Glossaire

- **PCR** : Réaction en chaîne par polymérase amplifiant une séquence d'ADN.
- **RT-PCR** : PCR précédée d'une transcription inverse de l'ARN.
- **ELISA** : Enzyme-Linked Immunosorbent Assay.
- **Séroconversion** : Apparition d'anticorps spécifiques détectables.
- **Sensibilité** : Proportion de malades correctement détectés.
- **Fenêtre sérologique** : Délai entre infection et détection des anticorps.

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