Diagnostic moléculaire et sérologique des infections

Microbiologie & immunologie · Master 1

PCR, séquençage, ELISA, interprétation des IgM/IgG et valeurs prédictives.

Introduction

Les méthodes moléculaires détectent directement le génome du pathogène par PCR en temps réel, avec une sensibilité élevée et un rendu rapide. Les approches syndromiques (panels respiratoires, gastro-intestinaux, méningites) testent simultanément de nombreux agents. Le séquençage 16S ou métagénomique complète l'arsenal en cas de culture négative.

La sérologie, elle, détecte la réponse de l'hôte : IgM témoignant d'une infection récente, IgG d'une infection ancienne ou d'une vaccination. L'interprétation exige de connaître sensibilité, spécificité et valeurs prédictives, qui dépendent de la prévalence.

Objectifs d'apprentissage

Expliquer le principe de la PCR en temps réel et du Ct
Comparer PCR, culture et sérologie
Interpréter IgM/IgG et avidité
Calculer valeurs prédictives
Reconnaître les limites des panels syndromiques

Concepts clés

PCR quantitative: Amplification avec sonde fluorescente ; le Ct inversement lié à la charge initiale.
Sérologie: ELISA ou chimiluminescence détectent IgM et IgG ; séroconversion = apparition d'anticorps.
Valeurs prédictives: VPP augmente avec la prévalence ; VPN diminue.

Conclusion

PCR, séquençage et sérologie répondent à des questions différentes : présence du pathogène ou réponse de l'hôte.

Une bonne interprétation intègre cinétique, prévalence et contexte clinique.

Cartes

Qu'est-ce que le Ct en PCR ?: Cycle seuil auquel la fluorescence dépasse le bruit de fond ; plus bas, plus la charge initiale est élevée.
Quel avantage de la PCR sur la culture ?: Rapidité, sensibilité et détection de pathogènes non cultivables ou morts, mais sans antibiogramme.
Quel gène cible le séquençage bactérien universel ?: L'ARNr 16S, conservé avec des régions variables pour l'identification.
Que signifie la séroconversion ?: Passage de séronégatif à séropositif entre deux prélèvements, signant une infection récente.
Que suggèrent des IgM positives et IgG négatives ?: Une infection récente en phase précoce.
Quel est le rôle de l'avidité des IgG ?: Une faible avidité évoque une primo-infection récente, utile en toxoplasmose et CMV pendant la grossesse.
Comment varie la VPP avec la prévalence ?: Elle augmente avec la prévalence, la VPN diminue.
Que donne un panel syndromique ?: Détection multiplex de nombreux pathogènes, mais risque de détection de colonisation sans signification clinique.
Quel est l'avantage de l'ELISA ?: Détection automatisable et quantitative d'antigènes ou d'anticorps par réaction enzymatique colorimétrique.

Glossaire

PCR: Réaction en chaîne par polymérase amplifiant une séquence d'ADN.
RT-PCR: PCR précédée d'une transcription inverse de l'ARN.
ELISA: Enzyme-Linked Immunosorbent Assay.
Séroconversion: Apparition d'anticorps spécifiques détectables.
Sensibilité: Proportion de malades correctement détectés.
Fenêtre sérologique: Délai entre infection et détection des anticorps.