Dysbiose, infection à Clostridioides difficile et transplantation fécale

Microbiologie & immunologie · Master 1

Dysbiose post-antibiotique, physiopathologie de C. difficile et transplantation de microbiote fécal.

Introduction

La dysbiose désigne une altération de la composition ou de la fonction du microbiote associée à une maladie : perte de diversité, de producteurs de butyrate et pullulation de Pseudomonadota. Elle est favorisée par les antibiotiques, l'alimentation et l'inflammation.

Clostridioides difficile en est le paradigme : bacille anaérobie sporulé, il profite de la perte de résistance à la colonisation et de l'accumulation d'acides biliaires primaires qui induisent la germination des spores. Ses toxines TcdA et TcdB glucosylent les Rho-GTPases, provoquant diarrhée, colite pseudomembraneuse et parfois mégacôlon toxique. Les récidives touchent environ 20 à 25 % des patients après un premier épisode.

La transplantation de microbiote fécal (TMF), ainsi que des consortia définis approuvés (par exemple des produits à base de spores ou de microbiote rectal), restaurent la résistance à la colonisation avec des taux de guérison supérieurs à 80 % dans les récidives. En Suisse, la TMF est pratiquée dans des centres hospitaliers universitaires, avec banques de selles encadrées.

Objectifs d'apprentissage

Définir la dysbiose et ses limites conceptuelles
Décrire la physiopathologie de l'infection à C. difficile
Expliquer le rôle des acides biliaires dans la germination des spores
Comparer vancomycine, fidaxomicine, bezlotoxumab et TMF
Décrire les critères de sélection des donneurs de TMF

Concepts clés

Dysbiose: Changement de composition ou de fonction du microbiote lié à un état pathologique ; relation causale à démontrer.
Toxines TcdA/TcdB: Glucosyltransférases inactivant les Rho-GTPases, cause de la rupture du cytosquelette et de l'inflammation colique.
Germination des spores: Déclenchée par les acides biliaires primaires (taurocholate) en l'absence de 7α-déshydroxylation par les commensaux.
TMF: Transfert de microbiote d'un donneur sain pour restaurer l'écosystème ; très efficace dans les infections récidivantes.

Conclusion

La dysbiose est à la fois cause et conséquence de nombreuses pathologies, mais l'infection à C. difficile en offre le modèle le plus abouti, avec une réponse thérapeutique directement fondée sur la restauration de l'écosystème.

La TMF a ouvert la voie aux thérapies basées sur des consortia définis, plus standardisées et sûres.

Cartes

Quelle bactérie cause la colite pseudomembraneuse post-antibiotique ?: Clostridioides difficile, bacille à Gram positif anaérobie sporulé.
Quelles toxines produit C. difficile ?: TcdA (entérotoxine) et TcdB (cytotoxine), parfois la toxine binaire CDT.
Quel est leur mécanisme ?: Glucosylation de Rho, Rac et Cdc42, entraînant l'arrondissement cellulaire.
Quels antibiotiques favorisent le plus la maladie ?: Clindamycine, céphalosporines, fluoroquinolones, amoxicilline-clavulanate.
Pourquoi les spores résistent-elles au gel hydroalcoolique ?: Elles ne sont pas inactivées par l'alcool ; il faut lavage à l'eau et au savon et désinfection sporicide.
Quel traitement de première ligne selon les recommandations actuelles ?: La fidaxomicine ou la vancomycine orale ; le métronidazole n'est plus recommandé en première ligne.
Que cible le bezlotoxumab ?: Un anticorps monoclonal neutralisant la toxine B, réduisant les récidives.
Quel est le principe de la TMF ?: Restaurer la diversité et la résistance à la colonisation par transfert de microbiote de donneur dépisté.
Que dépiste-t-on chez les donneurs de TMF ?: Pathogènes, bactéries multirésistantes, virus (VIH, hépatites), parasites et critères cliniques ; exclusion en cas de risque.

Glossaire

Dysbiose: Déséquilibre du microbiote associé à une maladie.
Spore: Forme de résistance dormante de certaines bactéries à Gram positif.
Colite pseudomembraneuse: Inflammation colique avec pseudomembranes fibrino-leucocytaires.
Récidive: Réapparition de la maladie dans les 8 semaines suivant un traitement efficace.
Consortium défini: Mélange standardisé de souches ou spores utilisé comme alternative à la TMF.
Acides biliaires secondaires: Produits de la 7α-déshydroxylation microbienne qui inhibent la germination de C. difficile.